Spółka z o.o. komandytowa staje się coraz bardziej popularną alternatywą na prowadzenie własnego przedsiębiorstwa. Zalety, jakie wynikają z jej prawnych uregulowań zachęcają nowych przedsiębiorców do jej tworzenia. Jednak nic nie jest idealne i bez problemu możemy znaleźć niedogodności spółki z o.o. komandytowej. Pierwsze wady, widoczne są już przy samym zakładaniu spółki: długotrwały, kosztowny i skomplikowany proces rejestracji. Zwiększenie kosztów związanych z założeniem spółki wynika z konieczności zakładania dwóch spółek. Wiąże się to z podwójnymi opłatami notarialnymi i w Krajowym Rejestrze Sądowym, kosztami za usługi prawnicze, koniecznością prowadzenia całej, pełnej księgowości, dla obojga spółek, jak również opłacaniem składek na ubezpieczenie zdrowotne i społeczne za osobę fizyczna będącą komandytariuszem.
Niedogodności spółki z o.o. komandytowej występują też w sferze jej reprezentacji. Spółka może być reprezentowana wyłącznie przez komplementariusza, w tym przypadku reprezentować spółkę na zewnątrz będzie zarząd spółki z ograniczoną odpowiedzialnością, jeśli umowa spółki z o.o. komandytowej nie stanowi inaczej.